本寺为宁玛巴大成就者 那诺仁波切创立，祖寺在尼泊尔加德满都南郊，名为Pharping之莲师圣地。2007年建立花莲分寺于吉安乡风水宝地，现由宁玛巴 琼珠法王接管，法王每年来台弘法多数时间住锡于此。寺内供奉主尊莲花生大士及阿弥陀佛、绿度母等，还供有财神及护法诸尊。
那诺仁波切来台弘法二十多年，没申请长期居留、没有任何不动产，只留下5个四处流浪的穷佛学会、超过2000名以上皈依弟子。 花莲中心是 仁波切最早成立的佛学会，历年独力敦请仁波切及随从喇嘛们来台各地弘法，算是仁波切在台湾的故乡，为了让 仁波切在台湾有一个安身立命的地方，花莲弟子们历经20年无数的考验，加上台湾各地师兄的鼎力相助，盖起台湾第一座藏传佛教北岩传承的佛寺『花莲持明圣寺』 。『花莲持明圣寺』〈Hua-Lien Phodrang Buddhist Monastery Temple〉是94年经 仁波切深思熟虑所取的寺名，与『尼泊尔持明圣寺』同名同一传承，将来也会有台北、台中、高雄等持明圣寺。表示传承逐渐在台生根茁壮，弘法利生。
